一、明代以前（史料累积过程）
早在殷商时期的甲骨文，就出现了具有按摩和儿科疾病含义的文字。
春秋战国时期，扁鹊广泛应用砭刺、针灸、按摩、汤药、热熨等治疗疾病，被尊为“医祖”。《史记》有扁鹊救治虢国太子的诊疗案例。
湖南马王堆汉墓出土的《五十二病方》为我国现存最早的医学著作。书中有婴儿索痉、婴儿病痫等儿科病名，并记载用匕周刮痧治疗小儿惊风；还首次提到膏摩。
秦汉时期，我国按摩已具有相当规模。《黄帝内经》中记载了按摩治疗小儿虫症的方法。
两晋南北朝，按摩手法日渐丰富，手法适用范围不断扩大，膏摩法得到系统总结，养生手法形成套路。如抄腹法治疗小儿急性腹痛（肠扭转），捏脊疗法治疗小儿食少、疳积和增强体质。两法流传至今。
隋唐时期出现官办太医署，按摩成为医学教育四大科目之一。少小科（儿科）是医学教育的必修课。《唐六典》记载隋朝按摩科设按摩博士、按摩士、按摩工等不同级别。隋代首位太医博士巢元方著《诸病源侯论》，其中小儿杂病全书并无方药，却于每卷之末附按摩引导法。其中摩腹法最有特色，运用很多。孙思邈的主要贡献在于总结了膏摩法，其适应症有小儿客忤、小儿夜啼、小儿热病、小儿鼻塞、小儿腹胀满等。唐《外台秘要》记载“摩儿头及脊”的夜啼治疗经验。
宋代将少小科改称小方脉科，使中医儿科完全独立。《圣医总录》记载“可按可摩，时兼而用，通谓之按摩”解析了按和摩。
金元时期，百家争鸣。《儒门事亲》中运用“揉脾”法治疗小儿身瘦肌热等症。补土派李东垣重视脾胃，提出补土为治。
二、明清时期（小儿推拿体系形成）
明清时期小儿推拿蓬勃发展。明代《小儿按摩经》是最早的小儿推拿专著，收集了40多个小儿推拿特定穴位，绘制了小儿推拿穴位图谱，提出了小儿推拿“以手代针之神术”，标志着小儿推拿从民间技艺升华为成熟理论，小儿推拿学科从此走上独立发展之道。大量小儿推拿专著的涌现完善并强化了小儿推拿体系，提高了推拿疗法在中医中的地位。
三、近现代时期（发展、保存史料时期）
近代中国由于西方医学的传入，使中医事业举步维艰，推拿法备受冷落，小儿推拿大多在民间发展，形成了很多推拿流派，但多数陈陈相因，学术上的建树不多。
新中国成立至今，中医事业有了进步，小儿推拿学科也取得了令人瞩目的成绩。党和政府开展了对古代医籍的抢救工作，不少学者理顺了小儿推拿的发展脉络。年上海正式创办推拿学校，面向全国招生，学校开设小儿推拿课程。各类小儿推拿的著书立说大量出版，“小儿推拿三字经技法”申报国家非物质文化遗产获得成功。医院校都独立开设了小儿推拿课程，山西运城创办了小儿推拿专科学校，医院专门设立了小儿推拿专科。
今天我们迎来了小儿推拿的黄金时期，国家中医药管理局制订了小儿推拿发展计划。医院和社区卫生服务中心开展小儿推拿业务，还拨专项资金资助小儿推拿防治儿童反复上呼吸道感染、脾虚、便秘和改善小儿推拿等研究。